Обитель основана прп. Лукианом на месте чудесного явления иконы Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1594 г. в соседнем селе Игнатьево был построен новый храм; после освящения, храмовая икона трижды исчезала и обреталась в ближайшем лесу, за три версты «стоящая на воздусе». Священник, с благословения у Патриарха Иова, с помощью прихожан, перенес храм на место чудесного явления иконы, где и поселился сам. В смутное время начала 17 века село Игнатьево сильно пострадало и обезлюдило, храм сохранился, однако запустел на тридцать лет.
Прп. Лукиан, родился близ г. Галича (Углича) около 1610 г. от благочестивых родителей Димитрия и Варвары. Они долго были бездетны и молились Богу о даровании чада. Их молитва была услышана и Бог дал им мальчика, названного во Святом Крещении Иларионом. Грамоте, Священному Писанию, молитве, посту, ночным бдениям, богомыслию 12-летний отрок обучался у своего отца, постригшегося по обету в монашество с именем Дионисий, в построенной им пустыньке. По его смерти, желая обрести опытного наставника в иноческих подвигах, Иларион обошел несколько обителей, но везде обращал на себя внимание своим высоким житием. В 1640 году он узнал о запустевшем храме Рождества Богородицы близ Александровской слободы. Найдя его полуразрушенным, он обнаружил чудотворную икону невредимой. Подвижник построил здесь себе келью и вскоре был пострижен пришедшим по промыслу Божию священником в монашество и именем Лукиан. Вместе восстановили они храм, позже к ним присоединились еще несколько человек.
Но враг рода человеческого через недобрых людей, местных жителей, воздвиг гонение на подвижников. Братию разогнали, а Лукиана отправили в Москву, неправедно обвинив его в «нечистой жизни». Там он был определен на черную работу в Чудов монастырь. Преподобный смирился, кротко нес самые тяжелые послушания, удивляя всех его насельников, а особенно игумена. Вскоре из пределов архангельских прибыл к Патриарху инок вновь образованного там монастыря с просьбой благословить туда настоятеля. Патриарх, по совету Чудовского архимандрита Кирилла, рукоположил Лукиана в иеромонаха и в 1646 г. назначил настоятелем в архангельскую обитель.
Однако и там ожидали его многие скорби и неприязнь братии, которой строгий монастырский порядок Лукиана был не по душе. Лукиан не стал настаивать; возблагодарив за все Бога, он благословил братию и удалился в любимую им пустынь. Был снова изгнан, но через год вернулся с патриаршей благословенной грамотой. С ним пришло несколько человек, составивших духовное воинство, от которого отступили прежние ненавистники пустыни. Произошло это так. Живя в Чудовом монастыре, прп. Лукиан не мог умолчать о своей пустыни, избранной Самой Царицей Небесной. Благочестивые люди из Москвы прониклись любовью и ревностью к этому святому месту. Они испросили у Царя и Патриарха выдать грамоту и благословение на строительство пустыни, а Лукиана утвердить настоятелем. Это третье начинание обители произошло в 1650 году.
Купцы Александровой слободы просили прп. Лукиана о создании и у них монастыря для инокинь из слободы, в котором хотели видеть его пастырем и попечителем. По многим их просьбам Преподобный смиренно согласился, и монастырь был там построен в 1654 году. Александровская обитель стала общежительной и возглавлялась игуменией, а Преподобный был для сестер пастырем и отцом, неустанно заботившимся обо всем потребном для жизни и спасения. Так на попечении у прп. Лукиана оказалось два монастыря.
Не достигнув преклонных лет, подвижник подошел к порогу смертному. Преставился он в 1655 году, 8 сентября, в престольный праздник своей обители.
Продолжателем духовной традиции прп. Лукиана стал прп. Корнилий. Тогда обе обители были известны далеко за пределами Московской (до 1774 г.) епархии своим высоким духовным строем и внешним благолепием. С 1658 года прп. Корнилий был «учинен строителем и духовником обеими обителями – своею и девическою в Александровой слободе». Более 20-и лет подвизался он в устроении обителей, основанных прп. Лукианом, и неотступно следовал его заветам. Прп. Корнилий скончался 24 августа 1681 г. В 1982 г. он, вместе с прп. Лукианом, были прославлены в лике местночтимых святых Владимирской епархии.
Лукианова пустынь опекалась государями Феодором Алексеевичем, Иоанном и Петром Алексеевичами, многими царевнами, которые жаловали ее землями. Так сбывалось пророчество преподобного Лукиана: «…и будут вас посещать великие люди, князи и боляры, и благоверные цари».
При строителе Авраамии в монастыре были заведены синодик и вкладная книга, а также составлена летопись о начале пустыни, житие прп. Лукиана и история чудотворений от явленной иконы. В 1717 г. он был возведен в сан игумена. Игумен Авраамий скончался в 1718 г. и похоронен под алтарем храма Рождества Пресвятой Богородицы.
Согласно монастырским описям 1718 г., пустыни принадлежали три деревянные часовни со святыми иконами, расположенные на Московской дороге и под Переславлем. В Москве у Сретенских ворот было подворье Лукиановой пустыни.
В 1771 г. по прошению жителей Александрова был учрежден ежегодный крестный ход с чудотворной иконой Рождества Пресвятой Богородицы в шестую Неделю по Пасхе из Лукиановой пустыни в Александров – в память избавления города и окрестностей от чумы.
По плану 1824 г., в пустыни в то время были: собор Рождества Пресвятой Богородицы, храм Богоявления Господня с приделом вмч. Феодора Стратилата, больничный храм вмц. Екатерины, часовня прп. Лукиана, двухэтажный настоятельский и два братских корпуса, а также одноэтажный больничный корпус. Монастырь был обнесен каменной оградой со святыми воротами и семью башнями. Он имел собственный конный, кирпичный и изразцовый заводы, а также несколько мельниц. В престольный праздник Рождества Пресвятой Богородицы у стен монастыря традиционно собиралась осенняя многотысячная ярмарка.
Игумен Макарий (настоятельствовал с 1860 по 1874 гг.) заботился не только внешнем благосостоянии монастыря, но, будучи строгим подвижником, радел о внутреннем благочестии и благочинном житии иноков. Сам он был послушником Саровской пустыни, затем Нямецкой Лавры. Преставился он в 1874 г. и был погребён у алтарной части собора с южной стороны.
За оградой монастыря в гостинице для паломников размещалась церковноприходская школа. В монастырской школе обучались грамоте и церковному пению дети сироты из солдатских семей, жившие в приюте при пустыни. По документам 1917 г. монастырской братии было 37 человек во главе с игуменом Игнатием.
В 1920 г. в Лукиановой пустыни был пострижен в монашество прпмч. Илия Вятлин, расстрелянный 5 апреля 1938 г. на Бутовском полигоне и прославленный в сонме Новомучеников и Исповедников Российских.
В начале 1920-х годов монастырь первым во Владимирской епархии был закрыт. Иноки, заранее предупрежденные о предстоящем аресте, покинули обитель. Все имущество поступило в музей, часть икон и святынь обители была поругана и уничтожена, а строения были переданы соседнему племенному совхозу. Местопребывание явленной чудотворной иконы Рождества Пресвятой Богородицы доныне остается неизвестным. В 1924 г. храм Богоявления Господня был отдан под приемник для беспризорных детей. В 1925 г. в Екатерининском храме был устроен клуб. Часовня прп. Лукиана была разрушена в 1926 г., но Промыслом Божиим мощи Святого сохранились под спудом неповрежденными. Впоследствии церковные здания были переданы городской тюрьме для малолетних преступников. Места погребений потомков Василия Собакина, отца царицы Марфы, супруги Иоанна Грозного, игумена Лукиановой пустыни Авраамия и других настоятелей (в крипте под алтарем Рождественского собора) были разграблены, осквернены и разрушены. В 1970-х гг., в монастыре поместили дом престарелых, с отделениями для душевнобольных и слепых. В 1988 г. монастырский комплекс передан для использования Александровскому комбинату искусственных кож, который использовал его как хозяйственную базу.
Лукианова пустынь в 1991 г. первая во Владимирской епархии возродилась из небытия. К тому времени древний монастырь пришел в полный упадок. Открытие пустыни состоялось в 6-ю Неделю по Пасхе и оказалось связанным с обновлением крестного хода, установленного в 1771 г. В 1992 г. были обретены находившиеся более 350-и лет под спудом святые мощи прп. Лукиана.
Некоторые из новых насельников монастыря уже упокоились на кладбище восстанавливаемой обители. Так, медсестра Екатерина, которой в советское время являлся в тонком сне возжигавший в разрушенном храме лампады монах-старец, упокоилась в монастырской земле, будучи уже монахиней Варварой. Неподалеку от нее находится могила пустынножителя, известного духовного писателя монаха Меркурия (Попова, +1996), автора книг «В горах Кавказа» и «Записки монаха-исповедника».
В 1999 году с Афона по благословению Святейшего Патриарха Алексия была торжественно доставлена икона «Игумения Святой Горы Афон». Эта икона написана греческим иконописцем схимонахом Паисием специально для обители.
Первый Наместник монастыря Архимандрит Досифей (Даниленко), 17 лет возглавлявший его после открытия (с 1991 по 2008 гг.) почил о Господе 13 марта 2009 г. и похоронен на Троекуровском кладбище в г. Москве.
Дополнительные материалы:
Книга «Торжество Лукиановой пустыни 8-го сентября 1893 г. 300-летие обретения Ея иконы Рождества Пречистыя Богородицы». Владимир-на-Клязьме. Типо-Литография Губернской Земской Управы. 1893 г.
Синодик Лукиановой пустыни, XVIII в. ГИМ, отдел рукописей, фонд Барятинского, № 337
Житие Лукиана Переславского РГБ Рукописный отдел ф.304.II. Ед.хр.85
Свирелин А. И. Историческая записка о Лукиановой пустыни (в Александровском уезде). Владимирские губернские ведомости (часть неофициальная). — 1860. — 26 марта (№13); 2 апреля (№14); 9 апреля (№15). — С. 61—64, 66—72.
Белицына Н. В. История Богородице-Рождественской Свято-Лукиановой мужской пустыни Владимирской епархии. Год выпуска 2001. Издатель: Богородице-Рождественская Свято-Лукианова мужская пустынь. ISBN 5-93429-009-6