При преподобном Корнилии в Лукиановой пустыни в 1658 году был воздвигнут второй храм – в честь Богоявления Господня. Этот храм был тёплым в отличие от первого холодного в честь Рождества Богородицы. Богоявленский храм простоял десять лет, после чего преподобный Корнилий испросил благословения у Патриарха разобрать его и построить заново. Была построена «… церковь тёплая деревянная ж Богоявления Господня… Против тёплой церкви колокольня шатровая, на ней семь колоколов, часы железные приведены к тем же колоколам» (писцовая книга за 1675 год).
В 1680 году деревянный храм за ветхостью был разобран, и прп. Корнилий просил благословение у патриарха Иоакима на построение новой каменной церкви. Новый храм был окончен строительством в 1684 году, уже при его приемнике, строителе Евагрии и 30 августа этого же года освящен.
Интерьер придела вмч. Феодора
Устроением в нем придела святого великомученика Феодора Стратилата, небесного покровителя царя Феодора Алексеевича, преподобный Корнилий достойно почтил вечной молитвенной памятью царя-благодетеля, во все свое шестилетнее царствование жаловавшего Лукианову пустынь, как своими личными посещениями, так и вкладами. Царь любил совершать богомольные выезды в Залесье и неоднократно посещал Лукианову пустынь в тех случаях, когда путь его проходил в этой стороне. Он почитал чудотворный Лукиановский образ Рождества Богородицы, чтил память основателя пустыни преподобного Лукиана, пользовался советами и наставлениями преподобного Корнилия. И, как следствие своего благоволения, щедро одарял Лукианову пустынь землями и угодьями. В ризнице монастыря до революции сохранялись подлинные его грамоты 1677, 1678, 1680 и 1681 гг. на владение жалованными землями, ставшими основной статьей благосостояния обители. В монастыре хранили память о каждом личном посещениях царя. Это было 19 сентября 1677 года, когда он из Москвы ходил в Александрову слободу и после этого посетил Лукианову пустынь, 21 сентября 1678 года, при тех же обстоятельствах, 15 сентября 1679 года на пути в Переславль Залесский, пробыв в пустыни два дня.
Этот замечательный храм, существующий в обители с небольшими поновлениями до сих пор, является ярким примером мастерства русских зодчих того времени. Две главы его были покрыты деревянной чешуёй, крест белым железом, а крыша тёсом. Внутри храма всё было просто, чуждо вычурности, всё располагало к молитве, стены не были расписаны вплоть до XX века. Иконы в иконостасах двух приделов – Богоявления Господня и великомученика Феодора Стратилата – были больших размеров, не покрытые ризами. Их украшали чеканные серебряные венцы позолоченные с каменьями, а также ожерельца из жемчуга. В четырехъярусном иконостасе главного придела справа от царских врат помещались храмовая икона Богоявления Господня, а слева от них – Иверская икона Божией Матери. Это был один из ранних списков с иконы, принесенной с Афона в Москву в царствование Алексея Михайловича. Так Вратарница Горы Афонской с конца XVII века охраняла Лукианову обитель.
В трапезной части храма на первом столпе висел образ Рождества Пресвятой Богородицы, а вокруг образа, представлявшего собой средник, были написаны Господские и Богородичные праздники; они находились под золоченым серебряным окладом.
На колокольне было пятнадцать колоколов: один большой, один повседневный весом в 21 пуд 28 фунтов, семь малых и ещё шесть малых.
Под храмом были сделаны «полатки» для хранения монастырского имущества и хозяйственных припасов.
В особом помещении находилась ризница обители, в которой хранились два древних Евангелия московской печати (одно 1677 года, а другое 1685 года), богато украшенные, два сребропозолоченных креста с частицами мощей – вклады почитателей Лукиановой обители, церковные сосуды – вклад Великой княгини Натальи Алексеевны. Здесь хранились четыре грамоты царя Феодора Алексеевича и другие монастырские документы.
Храмовые иконостасы были двухъярусные. К большому сожалению, они не сохранились. Можно предположить, что некоторые иконы писались известными живописцами, скорее всего это были иконы местного ряда. В синодике Лукиановой пустыни записаны имена живописцев: государев Симон Ушаков, патриарший Феодор Елизаров, живописцев Оружейной палаты Карп Иванов, государев Феодор Евстифеев. Можно почти с уверенностью сказать, что храмовая икона, которая находилась в иконостасе придела Феодора Стратилата. написана кем-то из этих живописцев.
В 1892 г. перед колокольней выстроили шатровое крыльцо.
В 1911 г. храм расписали.
В советский период были утрачены главы, растесаны окна второго этажа и трапезной, частично утрачен декор фасадов, четверик был покрыт кровлей на четыре ската под шифер, верх полностью утрачен, приделан дополнительный вход к алтарной части. Широкий арочный проем, соединявший основной объем с приделом, был частично заложен. Перед передачей монастыря Церкви в храме располагалась столовая.
После открытия обители Богоявленская церковь начала реставрироваться самой первой. С помощью Божией были восстановлены все исторические архитектурные формы.
Храм находится в центральной части монастырского ансамбля. Это тип трехчастного бесстолпного храма в 2 света. Высокий бесстолпный четверик объединяет основной объем самого храма и северный придел. Двуглавый объем храма достаточно редок для архитектуры 17 столетия, как и вытянутая по продольной оси двустолпная трапезная часть. Храм и трапезная образуют единый, вытянутый в продольном направлении двухэтажный объем, завершающийся с востока двумя гранеными апсидами: более крупной – с юга и меньшей, придельной – с севера. Над восточной частью общего объема возвышается общий для основного и придельного храмов четверик, вытянутый в поперечном направлении и завершающийся двумя главками на круглых глухих барабанчиках. С запада высится шатровая колокольня с восьмигранным ярусом звона на квадратном в плане основании и с двумя ярусами слухов в шатре. Перед колокольней стоит крыльцо с четырехгранным шатром на четырех столбах.
В достаточно сдержанном декоре фасадов использованы лопатки и уступчатые карнизы, а также кокошники по верху четверика. Окна с лучковыми перемычками украшены наличниками, в нижнем ярусе – рамочными с килевидными завершениями, а в верхнем – с колонками по сторонам и разнообразными завершениями, от треугольных до приплюснутых. Колокольня украшена панно из ширинок и уступчатыми архивольтами – в ярусе звона, а также гуртами и наличниками слухов – в шатре. Суховатый эклектический декор позднего шатрового крыльца с висячими гирьками подражает образцам 17 в.
Теплая, зимняя трапезная и теплые храмовые помещения располагались в первом этаже, а летние – во втором. Трапезные залы в обоих этажах перекрыты системой коробовых сводов на распалубках, опирающихся на два квадратных в сечении столба. Помещения храма Богоявления в обоих этажах более крупные, тогда как придел Феодора Стратилата имеет совсем небольшой размер и маленькую апсиду. И храм, и его апсида, и придел перекрыты коробовыми сводами, тогда как апсида придела – граненой конхой. Помещения по сторонам колокольни имеют лотковые своды.